Der Formatwechsel von der Platte zur CD fällt nicht leicht. Die kleinere CD schränkt Möglichkeiten visueller Präsentation ein. Die erste CD erscheint 1990 und ist eine Studioaufnahme von Barry Guys Komposition Harmos (Intakt CD 013) mit dem London Jazz Composers Orchestra. Als zweite CD bei Intakt Records erscheint die Solo- Aufnahme des Bieler Saxofonisten Hans Koch Uluru (Intakt CD 014). Es folgen die CD Five Voices des amerikanischen Schlagzeugers und Sängers David Moss and Direct Sound (Intakt CD 015), das Duo-Album des DDR-Saxofonisten Dietmar Diesner mit dem Schlagzeuger Sven-Åke Johansson Konsumdelikatessware  (Intakt CD 016) sowie das Gitarrensolo des Zürcher Musikers Stephan Wittwer(Intakt CD 017).

1993 kuratiert Intakt Records eine fünftägige Labelpräsentation im Jazzclub Moods. Im Rahmen dieses Intakt-Festivals startet die Aktion «Intakt abonnieren». Das Intakt-Abo mit den regelmässigen Direktverkäufen an die Abonnent:innen wird für Intakt Records zu einer wichtigen ökonomischen Stütze.

Die Komposition Sahara Dust der englischen Komponistin und Fagottistin Lindsay Cooper entsteht unter dem Eindruck des ersten Golfkrieges, wird 1991 in der Schweiz am Taktlos-Festival in Basel, Bern und Zürich uraufgeführt und anschliessend im Radio Studio Zürich für Intakt Records aufgenommen (Intakt CD 029). Den Text dazu schrieb die australische Schriftstellerin und Sängerin Robyn Archer nach einer Idee von Lindsay Cooper. Lindsay Cooper, bekannt durch die beiden feministischen Filmprojekte The Song of the Shirt und The Gold Diggers (von Sally Potter), für die sie die Musik schrieb, sowie durch ihre Zusammenarbeit mit der Avantrock- Band Henry Cow und mit Irène Schweizer bei den legendären Konzerten mit The Feminist Improvising Group, zog sich wegen einer schweren Krankheit vom Live- Geschehen zurück und stirbt 2013 im Alter von 62 Jahren. Sahara Dust ist ein eindrückliches politisches und musikalisches Statement und eine der letzten Aufnahmen von Lindsay Cooper.

1994, fünf Jahre nach dem Fall der Berliner Mauer, reisen die vier Grössen des ostdeutschen Jazz, die in Berlin-Ost wohnenden Conrad Bauer, Uli Gumpert, Ernst- Ludwig Petrowsky und der Dresdner Günter Baby Sommer nach Zürich. Die Jazzer mit dem Bandnamen Zentralquartett  – als ironische Anspielung auf das Zentral- komitee der DDR – nehmen im Radiostudio für Intakt Records ein neues Album auf. Die CD  Plie (Intakt CD 037) findet international grosse Beachtung. Und in Deutschland ist man erstaunt, dass ein Schweizer Label die Musik der ostdeut- schen Musiker produziert. Eine deutsche Zeitung vermerkt, dass «diese Musik zuerst reimportiert» werden muss: «aus der Schweiz». Vom Zentralquartett stehen noch vier weitere Veröffentlichungen im Katalog: Careless Love (Intakt CD 050), Zentralquartett (Intakt CD 069), 11 Songs – Aus Teutschen Landen (Intakt CD 113). Die 1974 beim Berliner Label FMP erschienene und vergriffene Kultplatte Auf Der Elbe Schwimmt Ein Rosa Krokodil (Intakt CD 142) wird von Intakt neu als CD aufgelegt. Die beiden Duo-Alben Das Donnernde Leben (Intakt CD 169) und La Paloma (Intakt CD 198) des Zentralquartett-Kerns mit den langjährigen Musikerfreunden Ulrich Gumpert und Günter Baby Sommer sind Klassiker des Jazz-Piano-Duos. Die Brüder Conrad und Johannes Bauer spielen eine Posaunen-Duo-Aufnahme Bauer – Bauer (Intakt CD 040) ein sowie ein Quartett mit den beiden Gitarristen Joe Sachse and Uwe Kropinski Doppelmoppel – Outside This Area (Intakt CD 136). Ernst-Ludwig Petrowsky legt mit dem Schlagzeuger Michael Griener die Duo- Platte The Salmon Intakt CD 148 vor. Ulrich Gumpert ist mit zwei Veröffentlichungen des Ulrich Gumpert Quartet: Quartette (Intakt CD 127)  und A New One (Intakt CD 257).